Fællesskabet Fanefjord Fond er en fondsdrevet selvejende organisation. Bestyrelsen består pr. 1. januar 2018 af:

Steen Mulbjerg, cand. polit., bestyrelsesformand
Boris Velander, privatpraktiserende speciallæge i psykiatri
Maibritt Breitenstein, pædagog
Mie Lykke Madsen, medarbejderrepræsentant